Κτισμένη στις βόρειες παρυφές του όρους Παγγαίου σε υψόμετρο 753μ., η μονή ιδρύθηκε από τον Αγιο Γερμανό το 518 μ.Χ. σε απόσταση 50μ. από το μοναστικό οικισμό που είχε ιδρύσει στη θέση Βίγλα γύρω στο 451 μ.Χ. ο επίσκοπος Φιλίππων Σώζων. Το όνομά της εικάζεται ότι προήλθε από παραφθορά της έκφρασης "εικών φοινίσσουσα", διότι η αχειροποίητος εικόνα της Παναγίας λέγεται ότι εξέπεμπε ερυθρωπό φως (φοινικούν χρώμα). Η ιστορία της μονής παραμένει άγνωστη μέχρι τον 11ο αι., οπότε ανακηρύχθηκε σταυροπηγιακή και κτίστηκε νέος καθολικός ναός. Από το 1472 η μονή γνώρισε περίοδο ακμής μέχρι το 1507. Η δράση των μοναχών στην ευρύτερη περιοχή προκάλεσε την οργή των Τούρκων, οι οποίοι τους θανάτωσαν, χωρίς όμως να καταστρέψουν το κτιριακό συγκρότημα της μονής. Έπειτα από παρέμβαση του πατριαρχείου στη σουλτανική αυλή, η μονή επανακατοικήθηκε από μοναχούς του Αγίου Όρους γύρω στο 1510-1520 και με τα χρόνια μετατράπηκε σε σημαντικό πνευματικό κέντρο.
