Η φαντασία του αυτοκράτορα, όπως καλά κανείς αντιλαμβάνεται, δεν άργησε να ταραχθεί από το συνδυασμό αυτών των γεγονότων … η πόλη τραντάχτηκε επανειλημμένα από τόσο βίαιους σεισμούς, ώστε οι χρονογράφοι θεώρησαν καθήκον τους να τους συμπεριλάβουν στα βιβλία τους. Ταυτόχρονα καταιγίδες διαδέχονταν η μία την άλλη σε μικρά χρονικά διαστήματα. Κεραυνός έπεσε πολλές φορές στο χώρο μέσα από τα τείχη, ενώ χαλάζι τεράστιου μεγέθους κατέστρεφε σε αρκετά μίλια τα γύρω σπαρτά. Δεν χρειάζονταν περισσότερα, για να πείσουν τον αυτοκράτορα ότι η σφοδρή οργή του ουρανού αληθινά ξέσπασε εναντίον αυτού και των υπηκόων του. ’Έγραψε, λοιπόν, σε κάποιον ερημίτη αναγνωρισμένης αγιότητας, που κατοικούσε στο Όρος Σινά, για να ζητήσει τις πανίσχυρες, όπως έλεγαν, προσευχές του προς τον Θεό. Αυτός ο ερημίτης ονομαζόταν Νείλος και η Εκκλησία τον τιμά και σήμερα ως άγιο.
Ο Νείλος δεν ήταν πάντα ένας φτωχός μοναχός κρυμμένος στα βάθη της έρημου. Είχε διαπρέψει στην αυλή του Μ. Θεοδοσίου με τον πλούτο, την ευγένεια των τρόπων του, την ωραιότητα του σώματος κι ένα πνεύμα έντιμο και δίκαιο, που του είχε δώσει την προσωνυμία σοφός. Εκτιμώντας επάξια τα σπάνια χαρίσματά του, ο Θεοδόσιος του εμπιστεύτηκε σπουδαίες θέσεις και μεταξύ άλλων τη θέση του πραίτορα της ’Ανατολής. Παντρεύτηκε μια νεαρή γυναίκα, που την αγαπούσε, και απέκτησε μαζί της δύο γιους. 'Ένα πρωινό ο άνθρωπος αυτός, ο τόσο ευνοημένος απ’ όλα όσα o κόσμος επιζητεί, απέθεσε τις τιμές του, χαιρέτησε τη γυναίκα του κι έφυγε παίρνοντας μαζί του έναν από τους γιους του. Που πήγαινε; Πήγαινε ν’ αναζητήσει τη γαλήνη της ψυχής, που ο κόσμος δεν του είχε δώσει, και ν’ αφιερώσει τον γιο του στον Θεό σε κάποιο ερημικό βουνό, όπως ο πατριάρχης ’Αβραάμ στα ύψη του Μωρία. ’Αλλά περίμενε να του αποκαλύψει o ουρανός τον τόπο.
Οι έρημοι της Αιγύπτου και της Συρίας δεν του άρεσαν. Ήταν πολύ πυκνοκατοικημένες από μοναχούς και πολύ κοντά στις πόλεις. Δεν σταμάτησε παρά στη μεγάλη έρημο της ’Αραβίας, σε μια από τις πλαγιές του όρους Σίνα. Βρήκε εκεί λίγους αναχωρητές, που ζούσαν σκόρπιοι σε σπηλιές. Τους συγκέντρωσε και προσείλκυσε κι άλλους. Με χρήματα, που του έμειναν από την περιουσία του, έκτισε μια εκκλησία κι ένα μοναστήρι στην τοποθεσία που ονομαζόταν Βάτος, διότι εκεί είχε εμφανιστεί ο Θεός στον Μωυσή σε μια φλεγόμενη βάτο. Οι μοναχοί θέλησαν να έχουν τον Νείλο ηγούμενο τους. Στη νέα του θέση ο πρώην πραίτορας διακρίθηκε για τις αυστηρές του αρετές. Η άσκηση αυτών των αρετών σε συνδυασμό με πλατιά θύραθεν μόρφωση και επίμονες μελέτες της Γραφής ανέδειξε τον Νείλο σύμβουλο των μοναχών της εποχής του. Έλεγαν ότι ήταν τόσο προνοητικός και εξυπηρετικός, ώστε ο Θεός του εμπιστεύτηκε το χάρισμα της προφητείας και της θαυματουργίας κι ότι πάντοτε ανταποκρινόταν σ’ όλα τα αιτήματα των προσευχών του.
Ο Αρκάδιος, που τον γνώριζε από παιδί στην αυλή του πατέρα του, νόμισε ότι μπορούσε να προστρέξει σ’ αυτόν με εμπιστοσύνη, για να αποτρέψει την οργή του Θεού, που απειλούσε την αυτοκρατορική πόλη και τον ίδιο. Αλλά ο Νείλος αρνήθηκε να προσευχηθεί.
«Πως θέλεις», του απάντησε με άγια παρρησία, «να τολμήσω να προσευχηθώ για μια πόλη, που αξίζει την τιμωρία του Θεού για τις τόσες ένοχες πράξεις της, για μια πόλη, όπου το έγκλημα στηρίζεται στην εξουσία των νόμων και που εξόρισε τον μακάριο Ιωάννη, το στύλο της Εκκλησίας, το λύχνο της αλήθειας, τη σάλπιγγα του Κυρίου; Ζητάς να προσευχηθώ γι’ αυτήν; ’Αλλά το ζητάς από μια ψυχή πολύ συντετριμμένη από θλίψη για τα υπερβολικά κακά, που η πόλη διέπραξε». Του γράφει ακόμη σ’ άλλη επιστολή:
«Εξόρισες τον Ιωάννη, το λαμπρότερο φως της γης, εντελώς άδικα κι άφησες τον εαυτό σου πολύ επιπόλαια να παρασυρθεί από τις κακές συμβουλές κάποιων επισκόπων, που το πνεύμα τους δεν είναι υγιές. Συλλογίσου, λοιπόν, αναγνώρισε τουλάχιστον το σφάλμα σου και μετανόησε, διότι στέρησες την Εκκλησία από τις καθάριες και άγιες διδασκαλίες, που δεχόταν απ’ αυτόν».
Ο Αρκάδιος καθόλου δεν μετανόησε. Οι μάστιγες της φύσης κατευνάστηκαν κι ο αυτοκράτορας με τη συνηθισμένη αμεριμνησία του άρχισε ν’ ασχολείται ξανά με τις υποθέσεις του. Του ήταν γλυκύτερες οι κακές συμβουλές των κολάκων παρά οι σκληροί λόγοι, που έφθαναν από το Σινά. Σύντομα μάλιστα με τους νέους κυρίους του ξέχασε τη διακυβέρνηση της Ευδοξίας. Η καταδίωξη ατόνησε. ’Αλλά το πνεύμα του διωγμού, τα πάθη της ζήλιας και του μίσους εξακολουθούσαν να υποβόσκουν και να σπρώχνουν τον ανίσχυρο αυτοκράτορα στο δρόμο, όπου τον είχαν καταντήσει.
